Институт осуществляет свою финансовую деятельность в соответствии с Положение о стимулирующих выплатах Института прикладной математики и автоматизации — филиала Кабардино-Балкарского научного центра Российской академии наук», которое разработано в соответствии с Положением об установлении систем оплаты труда работников федеральных бюджетных, автономных и казенных учреждений, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 5 августа 2008 г. № 583, приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 14 марта 2024 г. № 194 «Об утверждении Примерного положения об оплате труда работников федеральных государственных бюджетных и автономных учреждений, подведомственных Министерству науки и высшего образования Российской Федерации, по виду экономической деятельности «Научные исследования и разработки» (зарегистрирован Министерством юстиции Российской Федерации 1 июля 2024 г., регистрационный № 78723) с целью определения системы оплаты труда работников и руководителей Института и является приложением к Положению об оплате труда работников федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный научный центр «Кабардино-Балкарский научный центр Российской академии наук».